KOS chápe státní magisterskou i bakalářskou zkoušku společně jako státní závěrečnou zkoušku. V rámci závěrečné zkoušky probíhá obhajoba závěrečné práce. Závěrečnou zkoušku předchází zadání a vypracování bakalářské nebo diplomové práce (závěrečné práce). Zadání závěrečná práce je vypisováno pro daný obor (čímž se rozumí, že je určeno pro studenty tohoto oboru) a je u něj určena katedra, která zorganizuje obhajobu. Je-li zadanému oboru jednoznačně přiřazena zodpovědná katedra, potom obhajoba práce probíhá na této katedře. U některých bakalářských oborů není ovšem zodpovědná katedra jednoznačně určena. V takovém případě je zadání implicitně přiřazena mateřská katedra vedoucího práce. Tuto katedru je ale možné změnit.

Zadání závěrečné práce se přiděluje studentovi s předstihem několika semestrů před plánovanou obhajobou. Úmysl odevzdat v daném  semestru závěrečnou práci (a podrobit se státní závěrečné zkoušce) student deklaruje zapsáním některého z předmětů, které se jmenují Bakalářská práce nebo Diplomová práce. Každá katedra, která organizuje státní závěrečné zkoušky vypisuje vlastní předměty s těmito názvy (liší se kódem, například 36DP, 33DP, 33BP, apod.). Student si musí vybrat při zápisu předmět té katedry, na které se podrobí státní závěrečné zkoušce (kde bude práci obhajovat). Akt zápisu tohoto předmětu je v KOSu doprovázen automatickým stanovením data odevzdání závěrečné práce.

Zadání závěrečné práce (ZZP) musí studentovi přidělit v KOSu referent katedry pro závěrečné zkoušky (RKSZ). Případně i až těsně před vlastním sepisování výsledků závěrečné zkoušky. Předpokládá se, že v tomto případě předchozí komunikace mezi učitelem-zadavatelem a studentem-řešitelem probíhala bez podpory KOSu. Ze zadání závěrečné práce vygeneruje referent pedagogického oddělení papírové zadání diplomové-bakalářské práce, které posléze podepíše proděkan a vedoucí katedry.

Uživatel v roli UCT- učitel může pomocí KOSu předem vypsat téma závěrečné práce (TZP). To je charakterizováno mimo jiné oborem, jehož studentům je téma určeno a katedrou, na níž proběhne obhajoba. Učitel může vypsat TZP pro kterýkoliv obor, nejen pro obor jeho katedry. S takovýmto TZP může následně manipulovat nejen zadavatel (učitel, který je vypsal), ale i RKSZ, na níž proběhne obhajoba.

Obhajoba je organizována katedrou, která je zodpovědnou katedrou zvoleného oboru. Některé profilové obory ale nemají určenu zodpovědnou katedru. S tématem vypsaným pro takovýto obor mohou následně manipulovat referenti všech kateder až do převzetí tématu jedním z nich (spočívá v doplnění jeho katedry). Místo učitele může téma vypsat referent katedry, která bude organizovat obhajobu.

TZP se nabízí k rezervaci pouze studentům určeného oboru. Dané TZP může být v KOSu rezervováno nejvýše jednomu studentovi. Daný student může mít rezervováno nejvýše jedno TZP. Volné téma tedy rezervuje ten student, který přijde první. Předpokládá se, že po skončení rezervací se na základě rezervace TZP přidělí studentovi odpovídající ZZP. KOS podporuje konverzi TZP na ZZP včetně vazby na studenta.

KOS podporuje předběžnou 'kontaktáž' mezi učiteli - zadavateli a studenty - řešiteli. V dostatečném předstihu mohou učitelé vypisovat rámcová témata závěrečných prací (RTZP). V KOSu se jim dříve říkalo tematické okruhy závěrečných prací(TO). Zadavatel formuluje RTZP tak, aby z něj bylo možné případně vygenerovat více než jedno TZP (není podmínkou). Očekává se, že o dané RTZP projeví několik studentů nezávazný zájem, s některými z nich se zadavatel domluví, vygeneruje pro ně TZP a automaticky jim je rezervuje. Jestliže o některé RTZP neprojeví zájem žádný student, může z něj být vygenerováno jedno TZP (bez rezervace). To bude tímto nabídnuto k rezervaci zbývajícím studentům. U RTZP se určuje název, zadavatel, obor, katedra a předběžné pokyny ke zpracování. Studenti mohou v KOSu projevit nezávazný zájem o několik RTZP. Přitom o dané RTZP může projevit zájem více studentů. Studenta může zastoupit referent katedry, pro níž je RTZP vypsáno.

Předpokládá se, že se student seznámí s nabídkou TZP a případně jedno z nich si rezervuje. Tím je mimo jiné zablokuje ostatním studentům. V takovém případě se již nemusí zabývat nabídkou RTZP.

V menu KOSu zvolte funkci
Studium / zkoušky před koMisí /Témata závěrečných prací/ Rezervace tématu studentovi

Otevře se formulář 55612 Rezervace témat závěrečných prací – student.

V prvním bloku je seznam témat, která jsou určena pro váš obor. Seznamem můžete listovat pomocí kurzorových kláves Up a Down. Přitom se ve druhém bloku průběžně zobrazuje informace o studentovi, který má zvýrazněné téma rezervované. Máte-li již nějaké téma rezervované, je v seznamu uvedeno na prvním místě. V každém okamžiku můžete mít rezervované pouze jedno TZP.

• V prvním bloku nastavte kursor na téma, které chcete rezervovat. Téma musí být volné.
• Použijte funkci ^B=Rezervace (stiskněte klávesu CTRL, podržte ji a stiskněte klávesu <B>). V případě úspěchu se ve druhém bloku formuláře ve spodní části obrazovky objeví údaje o vás.
  Jestliže už máte rezervované jiné téma, formulář vás na to upozorní a zeptá se, zda chcete rezervaci změnit. Odpovězte Ano, nebo Ne. V případě kladné odpovědi se původní rezervace zruší a provede nová.
• Zrušení rezervace provedete funkcí ^D=Zrušit rez..
• Formulář opusťte funkcí F4= Konec.

V menu KOSu zvolte funkci
Studium / zkoušky před koMisí /Témata závěrečných prací/ Rezervace tématu studentovi

Otevře se formulář 55612 Rezervace témat závěrečných prací – student.

• Použijte funkci ^D=Zrušit rez (stiskněte současně klávesy <Ctrl+D>). Bude-li akce úspěšná, druhý blok se vyprázdní, což značí že téma je nadále volné.
• Formulář opusťte funkcí F4= Konec.

Jestliže jste si nerezervoval(a) žádné momentálně vypsané téma závěrečné práce (TZP), seznamte se s nabídkou rámcových témat (RTZP). O některá z nich můžete(a) projevit nezávazný zájem. Předpokládá se, že jejch zadavatelé se s vámi následně spojí. Daný zadavatel vás buď odmítne, nebo pro vás vytvoří odpovídající TZP a rezervuje je pro vás. Zájem můžete projevit o více RTZP.

V menu KOSu zvolte funkci
Studium /zkoušky před koMisí/Rámcová témata/ Zájem o rámcová témata studentem

Otevře se formulář 55603 Projevení zájmu o RT studentem.

• Nastavte kurzor na rámcové téma, se kterým chcete manipulovat.
• Použijte funkci Enter=Označ/Odznač (stiskněte klávesu <Enter>), do prvního sloupce se vepíše znak ">", nebo se naopak zruší. Klávesa <Enter> zde působí jako přepínač. Postup můžete zopakovat pro více RTZP.
• Formulář opusťte funkcí F4= Konec.

V menu KOSu zvolte funkci
Studium/záPisy na příští semestr/ Zápis studentů na předměty/ zápis studenta na přeDmět a kontrola

Otevře se formulář 52102 Zápis na předmět - student.